1609´da İstanbul´da doğdu. Babasının adı Abdullah'dı. Babası, Osmanlı devlet ve siyâset adamlarının yetiştirildiği Enderûn kurumunda eğitim görerek yetişmiş bir askerdir. Kâtip Çelebi´nin asıl adı Mustafa bin Abdullah´tır. Ordu kâtipliğinde bulunduğu için ulema ve halk arasında Kâtip Çelebi lakabı ile tanındı. Diğer lakabı ise Hacı Halife´dir. Hacca gittiği ve uzman memur (halife) olduğundan ötürü bu lakap ile de anılmıştır.

Altı yaşına geldiğinde, ilk eğitimini almak için babası tarafından görevlendirilen İmam İsa Halife El-Kırımî´den Kur´an okumayı, tecvid kurallarından Mukaddime-i Cezeriyye´yi ve namazın şartlarını öğrendi.Devrin adeti üzerine, öğrendiklerini Mesih Paşa Darülkurrası´nda ezbere dinletti. Zekeriyya Ali İbrahim Efendi ile Nefes-zâde´den ders gördü, Kur´an´ı yarısına kadar ezberleyerek, aynı Darülkurrâ´da okudu. İlyas Hoca´dan tasrif (anlatılan bir kavramı farklı yollardan yeniden anlatmak) ve avâmil (Arapça kelime sonlarının okunmasını öğreten bir bilim dalı ve aynı adla anılan kitap) öğrendi.

Böğrü Ahmet Çelebi adlı hattattan yazı dersleri aldı.Ondört yaşına geldiğinde, babasının aylığından 14 dirhem harçlık bağlanılarak, babasının yanında Anadolu Muhasebesi Kalemi´nde şakird (stajyer) olarak devlet görevine başladı (1622-23 yılları). Bu ofisteki halifelerin (uzman memur) birinden hesap-muhasebe sistemini, Erkam adı verilen yazışma kurallarını ve dönemin devlet belgelerinde kullanılan Siyakat yazısını öğrendi.

1624 yılında Abaza Mehmed Paşa İsyanı´nı bastırmak amacıyla hazırlanan ordunun defterlerini tutan birimde (Silâhdar Alayı) yer alarak, babası ile birlikte Tercan seferine katıldı. Kayseri yakınlarında Abaza Mehmed Paşa birlikleri ile yapılan savaşa (7 Eylül 1624) tanıklık etti. Eseri Fezleke´de bu seferin ayrıntılarını ve anılarını bildirmektedir.[5] Ordu ile birlikte Musul´a geldiklerinde (Ağustos - Eylül 1626) babası vefat etti ve Cami-i Kebir Mezarlığı´na defnedildi. Babasının vefatından bir ay sonra, aynı sefer kuvvetinde görev yaptıkları amcası da, Nusaybin - Cerahlu bölgesinde öldü. Kâtip Çelebi bunun üzerine orduda görev yapan başka bir akrabası ile birlikte Diyarbakır´a geldi. Diyarbakır´da kaldığı sırada, babasının arkadaşlarından Mehmed Halife adlı bir yüksek bürokrat tarafından Süvari Mukabelesi´ne tayin edilerek İstanbul´a döndü (1627-1628). Burada Kâdızâde´nin derslerini takip etmeye başladı. Aynı yıl içinde Erzurum kuşatmasına katıldı. Erzurum´dan Tokat´a dönüş yolunda, kış mevsiminin bastırması sebebiyle orduyla birlikte büyük zorluklar yaşadı.

1630´da Hüsrev Paşa´nın maiyetinde bulunarak, Hamedan ve Bağdat seferine katıldı. Kâtip Çelebi bu seferle ilgili olarak, Cihannüma´da ve Fezleke´de uğradığı şehir ve bölgelerle birlikte, ordu tarafından ele geçirilen şehir, kale ve menzillerin bilgilerini vermektedir. Bağdat Kuşatması´nda ordunun defterini tuttu. Seferden sonra tekrar İstanbul'a dönerek Kâdızâde'nin derslerine katıldı. Bu zaman aralığında, Kâdızâde´den Tefsir, İhya-i Ulûm, Şerh-i Mevakıf, Dûrer ve Tarikat(Tarikat-ı Muhammediyye) okudu. 1633-1635 Halep Seferi´nde hacca gitme fırsatı buldu.

Çatışma ve sefer olmadığı zamanlarda, Halep´te kitapçıları ve kütüphaneleri gezerek, ileride yazacağı büyük eseri Keşf ez-zunûn ´an esâmî el-kutub ve-l-fünûn (‏كشف الظنون عن أسامي الكتب والفنون‎) için, biyografik ve bibliyografik temeli teşkil edecek notları hazırlamaya başladı. Halep Seferi yıllarında, sahaflarda kitap toplayıp, elde ettiği hazineyi okuyarak kendini geliştirdi.

Dönüşte bir kış Diyarbakır´da kalıp oradaki bilgin ve aydınlarla görüştü. 1635 senesinde IV. Murad ile Revan Seferine katıldı. On yıl kadar çeşitli savaşlarda bulunduktan sonra İstanbul'a döndü ve çeşitli alanlardaki bilimlerle uğraşır oldu.

A'rec Mustafa Efendi, Ayasofya dersiâmı (öğretim görevlisi) Abdullah Efendi ile Süleymâniye dersiâmı (öğretim görevlisi) Mehmed Efendiden ders aldı ve A´rec Mustafa Efendiyi kendisine üstâd edindi. Bir taraftan kendisi öğrenirken, diğer yandan birçok öğrenciye ders verdi.

1645´te Girit Seferi´ne katılması sayesinde haritaların nasıl yapıldığını inceleme fırsatını buldu ve bu konuyla ilgili eserlerde çizilen haritaları gördü. Bu arada görevinden ayrılarak, üç yıl devlette çalışmadı. Bu üç yıl içinde kimi öğrencilerine çeşitli konularda dersler verdi. Yine bu zaman içinde sık sık hastalandığı için, tedavi çareleri bulmak amacıyla, çeşitli tıp kitaplarını okudu. Pek çok eserini bu yıllarda yazmıştır.

Kâtib Çelebi 1657 yılında vefât etti. Mezarı, Vefa´dan Unkapanı'ndaki Unkapanı Köprüsü´ne inen büyük caddenin sağ kenarındadır.

Kâtip Çelebi çalışkan, iyi huylu, vakarlı, az konuşan, çok yazan biri olarak bilinir. Arapça, Farsça yanında Lâtince´yi de bilirdi. Osmanlı Devleti´nde Batı bilimleriyle fazla ilgilenen ve Doğu bilimleriyle karşılaştırıp sentezini yapan ilk Türk bilim adamlarından biridir. Unesco tarafından doğumunun 400. yılı münasebetiyle 2009 yılı Kâtip Çelebi yılı ilan edilmiştir.